TCGA数据库下载多种方法及优缺点介绍

早就告诉圈内好友,我把自己的28篇TCGA教程的部分知识点录制成为了视频,虽然播放量很少,但是看过的朋友都说收获很大,而且还有专门的笔记系统性介绍自己学习的收获,今天我们就分享其中一位优秀学员的笔记:

数据挖掘必看视频,实际上我发现很多人从我这里学习到知识点后刻意抹去我的存在,进行所谓的二次创作!也刻意不转发给身边有需要的朋友,我不是很能理解它们的意图!

在TCGA数据库下载文件有很多种方法:

一.利用R语言下载

(本文重点介绍这个)R语言有很多不同的包可以用于下载TCGA文件(意思就是不同的代码实现下载TCGA数据的同一目的)

方法1:TCGAbiolinks包(首推这个方法!!目前没发现明显缺点)TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解

library(TCGAbiolinks)#加载包query-GDCquery(project="TCGA-DLBC",#选定要下载的肿瘤类型data.category="TranscriptomeProfiling",#选定要下载的数据范畴data.type="GeneExpssionQuantification",#选定要下载的数据类型workflow.type="HTSeq-Counts"#选定要下载RNAseq的-COUNT文件)#这个过程和







































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