TCGA数据库是研究癌症数据最常用的数据库之一。目前pubmed上发表的基于TCGA生信分析的文献非常多，今天给大家推荐一篇发表在cell上面的文献：
《OncogenicSignalingPathwayinTheCancerGenomeAltas》
1.TCGA数据库简介TCGA数据库收录了33种癌症，超过个样本的数据信息。这些数据包括转录组（mRNA，lncRNA和miRNA）、基因组（突变、CNV）、表观组（DNA甲基化）、蛋白组及临床信息数据。
数据库的优点是：数据质量高，组学数据丰富，样本量大以及临床信息全面。
缺点是：癌症方向偏少，数据下载权限高以及分析难度高。
2.文章使用的数据这篇文章使用了TCGA数据库中的33个癌症的个样本，包括Somaticmutations(whole-exomesequencing),geneexpressionlevels(RNA-Seq),DNAcopy-numberalterations(AffymetrixSNParrays),andDNAmethylation(Infiniumarrays)的几种组学的数据。每种癌症还有亚型数据。
这些数据可以通过GDC数据库或firebrowse数据库或UCSU或cbioportal或R语言下载。
3.针对10条通路进行分析