收藏KEGG数据库中的各种通路图怎么看

背景

KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。与其他数据库相比,KEGG的一个显著特点就是具有强大的图形功能,它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系,这样可以达到以下两个层面的信息:一,如果从功能出发,我们研究功能到通路到基因,达到迅速锁定某些功能的基因;二,从基因出发,我们获得某个基因在信号通路中的角色(上下游关系)和生物学功能。

ko:表示通路,这个通路是不分物种的,相当于所有物种某一通路的并集。

KO(KEGGOrthology):是KEGG中一个“专有名词”,表征一个基因。KO作为ko通路中的基本单位,它是蛋白质(酶)的一个分类体系。通常序列高度相似且在同一通路中具有相似功能的蛋白质被归为一组,即一个KO。

总之,KEGG是科研过程中必不可少的工具之一,它用形象的图形使我们直观地对某一个基因有了一个由点及面的印象,有利于我们把握科研过程中的全局观,本文介绍详实,建议收藏。

概念介绍

作用关系介绍

相信了解了上面的介绍之后,大家对整个kegg注释就不再陌生啦。

趁热打铁,推荐大家一篇虽然时间有点久,但是写的不错的文章。

原文:丁香通

KEGG数据库的独创使用经验总结

KEGG,KyotoencyclopediaofGenesandGenomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库,它的优势就不多说,一起看下牛人KEGG的独创使用经验分享。

KEGG的数据

KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中获得,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图;另外KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGGOrthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签。下面就首先来讲一下KEGGorthology(







































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