玮瑜主办年5月19日-21日（周五六日）上海
课程简介
随着大数据时代的到来，各种生物类公共数据库井喷，其中就包括癌症领域熟为人知的癌症基因图谱TheCancerGenomeAtlas(TCGA)数据库。TCGA由NCI牵头，作为美国攻克癌计划的一个大项目，投入了巨大的人力和物力，系统提供了癌症多组学测序和芯片数据，包括Geneexpression,DNAmethylation,CopyNumberVariation,Mutation等结果，同时也附有相应各测序样本的完整临床资料。TCGA为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据和与其关联的临床数据,这为挖掘有意义的基因组变化和发现影响肿瘤起始、发展、分化、转移等生物学机制提供了海量数据基础。然而传统的基础医学和转化医学研究者缺乏信息学基础来处理大规模癌症数据,因而在面对这些极其有价值的基因组数据时,往往心有余而力不足。作为医学信息领域研究者,我们需要将信息学和统计学知识运用到癌症基因组学数据分析的研究当中,作为连接大数据与基础医学研究者之间的一个纽带,帮助研究者去更好地挖掘探索这些数据。
课程内容、目标与特色
本次培训提供了一次系统了解TCGA数据产生，糅合、分析及挖掘的课程,使基础医学和转化医学研究者能更好地挖掘TCGA多组学数据，以便为自身科研项目服务。本次培训涵盖拟解决的问题包括：1、TCGA各组学数据下载。2、差异表达基因鉴定、共表达分析及聚类。3、差异甲基化区域鉴定及分析。4、基于TCGA数据挖掘癌症预后相关的甲基化位点和基因。
授课老师
本次培训邀请两位主讲老师。一位来自科研院所，医院临床医生。两位授课老师将分别从TCGA数据下载，数据整合，清洗及SCI文章常规思路对这些数据进行分析，并从临床角度出发，把测序数据与临床资料整合，为临床医生提供科研思路，为自身科研服务。
课程设置
第一天上午：TCGA概论及相关数据下载介绍
一.TCGA数据库基本概念介绍
1，TCGA项目的由来及发展始末；
2，TCGA包含的癌种和数据类型解析；
3，TCGA相关发表论文案例解析；
4，GEO数据库及数据下载，On鍖椾含娌荤枟鐧界櫆椋庡摢涓尰闄㈣緝濂?鍖椾含娌荤枟鐧界櫆椋庤緝濂藉尰闄?