课程NCBI数据库入门系列2Blas

7月24号晚8点,金方园老师的系列课程第二课《NCBI数据库入门系列2—Blast数据库的应用》正式上线。

本课程是NCBI数据库系列课程的第二堂课,主要介绍了blast数据库的使用,包括blast数据库的简介,到界面设置,到搜索结果分析以及数据库的应用。

本期课程,依然留下了提问时间。课后未能及时得到回答的题目,“我是Dr”做了问题的整理,如下:

1

姚公馆首席食量担当:老师、exclude里的xm、xp还有环境样本序列、平时是选上吗、可以计算更精确?

:以上序列是从基因组注释加工得到的模型,一般不选上,有特殊要求的时候才会选择。

2

于小鱼:老师,为什么我打开blast只能输入一个序列呢?

:点击+才可以输入更多序列

3

Dawn:老师,转录组测序回来的序列,怎么看他的CDS区呢?

:可以blast比对,参考相似序列的CDS,或者直接用DNAstar软件找到该序列最长的ORF,即为CDS区。

4

姚公馆首席食量担当:老师空白部分呢?长度不一样、就没有比对?

:空白表示这部分序列没比对上,也可能是长度不够了。

5

酸甜小柠檬:输入一个基因的上游或下游,怎么看特异性好不好?

:序列和引物都输入,可以查询之间的特异性。

6

姚公馆首席食量担当:老师,对比结果,每一条带颜色的序列,就是我的目的序列和数据库里挑选的序列的对比结果吗?

:是的,鼠标放到每一条上,都会出现一个序列简单的说明,点击可以查看详细的对比说明。

感谢金老师的辛勤劳动!并期待金老师的下一次课程。

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长按







































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