微生物生态（MicrobialEcology），又名环境微生物（EnvironmentalMicrobiology），是研究微生物之间及其与环境之间相互关系的学科。从生物角度，其研究对象主要有真核微生物（Eukaryotes，如原生生物、真菌等）、原核微生物（Prokaryotes，细菌和古菌）和病毒（Viruses）[1]。
随着高通量测序的发展，我们可以很容易地从环境中获得大量微生物marker基因序列，如原核的16SrDNA序列，真核的18SrDNA序列、ITS（ribosomalinternaltranscribedspacer）序列等。拿到序列后，面临的一个重要问题就是：选择什么数据库进行比对才能得到较好的分类鉴定结果呢？其实针对每一类生物的主要marker序列都有相应的数据库以方便比对鉴定。今天就和大家简单聊一下微生物生态研究中那些个常用的marker基因序列数据库。
rRNA基因数据库
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RDP
简介：
RDP数据库全称“RibosomalDatabaseProject”，该数据库提供质控、比对、注释的细菌、古菌16SrRNA基因和真菌28SrRNA基因序列。目前其数据库最新版本为RDPRelease11.5，于年9月30日更新。更新后的数据库包含3,,条比对、注释的原核16SrRNA基因序列和,条真菌28SrRNA基因序列。
RDP是目前较常用的rRNA基因高通量测序后作为比对、注释的参考数据库。此外，还可用于平时菌种鉴定时，对少量rRNA基因测序后的物种进行分类鉴定，此时主要用其Classifier功能（治白癜风秘方哪里治白癜风病