KEGG什么是KEGG数据库

什么是KEGG数据库?

KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库,它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。

KEGG主要由6个各自独立的数据库组成,分别是基因数据库(GENESdatabase)、通路数据库(PATHWAYdatabase)、配体化学反应数据库(LIGANDdatabase)、序列相似性数据库(SSDB)、基因表达数据库(EXPRESSION)、蛋白分子相互关系数据库(BRITE)等。

基因组信息存储在GENES数据库里,包括完整和部分测序的基因组序列;更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里,包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期,还包括同系保守的子通路等信息;而LIGAND数据库包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。

KEGG提供的整合代谢途径(pathway)查询十分出色,包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解,不仅提供了所有可能的代谢途径,而且对催化各步反应的酶进行了全面的注解,包含有氨基酸序列、PDB库的链接等等。KEGG是进行生物体内代谢分析、代谢网络研究的强有力工具。

如何使用KEGG数据库?

KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图。

我们以一个例子来介绍怎样使用pathway在KEGG上找有关氨基酸代谢的代谢图。

首先打开KEGG网址:







































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